Первоначально читатель знает о нем только то, что это студент-медик, приехавший в деревню на каникулы. Рассказ об этом эпизоде его жизни, собственно, и составляет сюжет «Отцов и детей». Сначала Базаров гостит в семье своего друга Аркадия Кирсанова, затем вместе с ним едет в губернский город, где знакомится с Анной Сергеевной Одинцовой, живет некоторое время в ее усадьбе, но после неудачного объяснения в любви вынужден уехать и, наконец, попадает в родительский дом, куда направлялся с самого начала. В усадьбе родителей живет недолго, тоска гонит его прочь и наставляет еще раз повторить тот же самый маршрут. В конце концов выясняется, что места ему пет нигде. Базаров опять возвращается домой и вскоре погибает.
Базаров называет себя «нигилистом», определение это поначалу звучит несколько загадочно, по вскоре значение его выясняется вполне: читатель-современник без труда узнавал в герое выразителя в самой крайней форме идей и настроений революционной молодежи. Базаров провозглашает идею «полного и беспощадного отрицания», не признавая никаких пределов, способных ограничить ее осуществление. Вместе с «постановлениями» отжившего крепостнического строя и либеральным реформаторством он так же категорично отрицает любовь, поэзию, музыку, красоту природы, философское мышление, семейные связи, альтруистические чувства, такие нравственные категории, как долг, право, обязанность. Базаров выступает беспощадным противником традиционного гуманизма: в глазах «нигилиста» гуманистическая культура оказывается прибежищем для слабых и робких, создавая красивые иллюзии, способные служить их оправданием. Гуманистическим идеалам просвещенной элиты и верованиям или предрассудкам невежественных масс «нигилист» одинаково противопоставляет истины естествознания, утверждающие жестокую логику жизни-борьбы. Базаров считает необходимым начать историю заново, на голом месте, не считаясь ни с объективной ее логикой, ни с «мнением народным». И все это не только идеи, перед читателем человек действительно повой формации, дерзкий, сильный, неспособный к иллюзиям и компромиссам, достигший полной внутренней свободы, готовый идти к своей цели, сокрушая или ненавидя все, что ему противостоит. В спорах с умеренным либералом Павлом Петровичем Кирсановым Базаров легко побеждает. На его стороне не только преимущества молодости и новизны его позиции.
Тургенев видит, что «нигилизм» глубоко связан с общественным неустройством и народным недовольством, что это естественное выражение духа времени, когда в России все переоценивается и переворачивается. Тургенев признает, что роль «передового класса» переходит от дворянской интеллигенции к разночинцам. Но это лишь часть истины, открываемой читателю в «Отцах и детях». Тургенев проводит Базарова по кругам жизненных испытаний. Герой переживает трагическую любовь, тоску одиночества и даже своеобразную «мировую скорбь». Обнаруживается его зависимость от обычных законов человеческой жизни, сто причастность к обычным человеческим интересам, заботам и страданиям. Первоначальная самоуверенность Базарова исчезает, его внутренняя жизнь становится все более сложной и противоречивой. Постепенно выясняется мера объективной правоты и неправоты героя. «Полное и беспощадное отрицание» оказывается отчасти оправданным как единственная, по мысли Тургенева, серьезная попытка действительно изменить мир, покончив с противоречиями, которые не могут разрешить ни усилия общественных партий, ни влияние вековых идеалов гуманизма. Однако для Тургенева бесспорно и то, что логика «нигилизма» неизбежно ведет к свободе без обязательств, к действию без любви, к поискам без веры. Тургенев не находит в «нигилизме» созидающей творческой силы: те изменения, которые «нигилист» предусматривает для реально существующих людей, по сути дела, равносильны их уничтожению.
«Нигилизм», по мысли Тургенева, бросает вызов непреходящим ценностям духа и естественным основам жизни. В этом усматривается трагическая вина героя, причина его неизбежной гибели.