Детство его прошло в Маньчжурии. В 1948 г. Абе закончил медицинский факультет Токийского университета. От карьеры врача от отказался, поскольку, по его словам он «не создан для этой профессии, и начал писать еще студентом». В 1948 г. появился журнальный вариант первого рассказа Абе «Дорожный знак в конце улицы». Но большой успех и популярность пришли к нему в 1951 году, когда увидела мир повесть «Стена. Преступление Карума». За нее Абе был награжден высочайшей литературной наградой Японии — премией Акутагави. Научно-фантастическая повесть «Четвертый ледниковый период» (1958), центральной темой которой являются изображения раздвоения личности — этой самой теме посвящена повесть «Почти как человек» (1960) — окончательно убедила литературные круги в том, что Абе наделен большим талантом.
Уже первые произведения подтвердили оригинальность его художественной манеры: переплетение выдуманных и реальных пластов рассказа (этого Абе, по его собственному признанию, учился у Н. Гоголя), динамический сюжет, выдержанный в стиле детектива, тонкие философские раздумья и символика, сатиричность стиля и лапидарность языка. Они показывают и своеобразное кредо писателя, которому Абе останется верным в дальнейшем: стремиться исследовать не столько быт и «больные проблемы» общества, сколько «мозг и психологию», которые, так или иначе определяют «способ действий». Особый художественный взгляд Абе давал повод критике в разные годы называть его то фантастом, то авангардистом, то японским Сартром, то японским Достоевским.
Роман «Женщина в песках» (1962), который получил премию газеты «Иомура», ознаменовал начало романного творчества Абе. Авторское внимание фокусируется на процессе изменения психологии, сознания Ней — скромного учителя, личности довольно ординарной. Мечтая в прошлом хотя бы чем-нибудь прославиться, в настоящем он неожиданно оказывается вместе с одинокой женщиной в плену огромной песчаной ямы. Герой, помогая женщине каждый день отгребать из ямы песок, который угрожает упасть сз морского берега на село и разрушить, засыпать все жилье, постоянно ощущает внутренний дискомфорт: «Если каждый раз спасать ближних, которые умирают от голода, ни на что другое времени не останется…».
В состоянии безграничного отчаяния, моральной и физической усталости он старается убежать из этой страшной ловушки, но «мысль его бежит назад». Герой, пренебрегая своей свободой, возвращается на дно ужасной ямы. Долгие, утомляющие душу раздумья о правах личности, законы в условиях нечеловеческого существования приводят его к отказу от своего «я», приближая тем самым ко всечеловеческому «мы». «В песке вместе с водой он будто проявил в себе нового человека». Символичен и образ песка в романе. Для Ники он — «само движение». Герой романа «Чужое лицо» (1964) — ученый, который прячет под маской собственное лицо, обезображенное вследствие химического взрыва в лаборатории, проходит, в отличие от Ники, «путь от людей», теряя способность к контакту с другими людьми. Изучая в нем «умственный механизм», «работа» которого и превратила его в морального урода, освобожденного от «всех духовных пут», Абе оставляет извне открытым вопрос — кто виноват в этом?
Тем не менее, многое угадывается в намеренной зашифрованности реплики героя, сказанной в финале романа: «Предъявить обвинение одному мне не удастся… Я ненавижу людей». С ней вступает в своеобразную перекличку морально-философская мысль романа «Сожженная карта» (1967). Сожженной оказалась «личная карта» Тасиро — героя, охваченного духовным одиночеством.
Автор осмысливает эту актуальную для общества проблему как наказание за сознательный отказ человека от общечеловеческих идеалов. В романе «Человек-Ящик» (1974), наиболее последовательно в сравнении с другими выдержаны в любимой писательской манере изображения взаимосвязи выдуманного и реального миров, речь идет о человеке, который старается спрятаться от жизни, от тотального равнодушия, которое властвует в нем, «в ящике из гофрированного картона, который одет на голову и доходит до пояса». Здесь автор, продолжая художественное исследование проблемы духовного одиночества, обогащает ее философским открытием: спасти Человека от этого кризисного явления может лишь сама Жизнь. В романе его олицетворяет образ Женщины. Именно к ней и обращены слова героя: «Единственная просьба — подай мне руку, пока еще я хочу взять». Роман «Те, что вошли в ковчег» (1984) получил довольно полярные отклики. Писали о том, что в нем одиночество, «разобщенность человеческая» «не исследуется, не анализируется, а с самого начала является постулатом».
Едва ли это справедливо. Если рассматривать роман в контексте всего художественного творчества писателя, то следует отметить, что он будто «обратным светом» освещает предыдущие. Близкий к ним по манере письма, этот роман «завязывает» в единый узел вопросы, которые постоянно волнуют автора. Решение главного героя произведения, не думать больше о том, кому посчастливиться выжить, кто достоин выжить, принято после всех фантасмагорических событий, которые случились с ним в каменоломнях Ковчега (созвучно с навязчивым мыслям Ники из «Женщины в песках»), отображает авторскую позицию в ее взаимосвязях с определенными философскими взглядами.
На вопрос «В чем смысл жизни?» в одном из своих последних интервью 1992 г. Абе ответил: «Никакого смысла нет, а есть лишь увлекающий процесс его угадывания». 22 января 1993 г. Абе умер в одной из токийских больниц, не успев закончить работу над очередным романом. В Японии и за границей он известен не только как прозаик, а и как автор гротескно-фантастических пьес: «Охота на рабов» (1955), «Призраки среди нас» (1958), «Легенда о великанах» (1960), «Крепость» (1962), «Мужчина, который превратился в палку» (1969). Свои пьесы Абе ставил в созданной им «Студии Абе». Не все безоговорочно в творческом видении Абе, но, как заметил М. Федоренко, его произведения «до определенной меры можно считать не просто зарисовками, но монументальными полотнами эпохи, которая проходит».