Основной философский конфликт возникает между двумя главными героями романа — князем Андреем и Пьером. Выразить этот конфликт невозможно, используя лишь их внутреннюю речь. Необходимо действительное столкновение мнений, и в книгу вводится диалог — разговор двух героев.
С самого начала проводится параллель: князь Андрей — Пьер. У них разные взгляды на жизнь, разная судьба, но они очень близки друг другу. Возникает ассоциация, основывающаяся на именах апостолов-братьев Петра и Андрея. Петр принес христианство в Европу, а Андрей — на Русь. Столкновение «западного» Петра и «восточного» Андрея и показывает автор.
Впервые мы встречаем князя Андрея и Пьера в салоне Анны Павловны Шерер. Они перебрасываются несколькими фразами, но мы видим, какие близкие, дружеские отношения связывают их по мягкой улыбке князя, по разговору в целом. Настоящий диалог начинается позднее, когда, покинув салон, друзья могут освободиться от условностей, раскрыть свою душу. Но философский диалог не строится. Идет разговор о бытовых проблемах, делах, карьере Пьера и женитьбе.
Между первым и вторым диалогом проходит не так много времени, но разговор в Богучарове открывает нам совершенно новых героев. Андрей видел вечное небо Аустерлица, видел бессмысленность, жестокость убийства, он опустошен, все его идеи, мечты рухнули разом. У Пьера, напротив, духовный подъем.
Он увлекается масонством, ему кажется, что он постиг истину, и не понимает, как можно в этом прекрасном, полном скрытого смысла мире быть несчастным. Начинается диалог об убийстве — можно ли убивать вообще. Князь Андрей допускает разделение на «хороших» и «плохих», на тех, кого можно убивать и кого нельзя. Пьер испуган этими страшными словами, напоминающими нам теорию Раскольникова о «крови по совести». Диалог о зле и счастье — один из самых важных морально-этических моментов произведения.
В разговоре с Пьером князь Андрей утверждает, что никогда больше не будет служить в русской армии. Таким образом, разговоров Богучарове играет значительную композиционную роль и служит для дальнейшего развития сюжета, но важнее внутренний, философский смысл этого диалога. В любом диалоге можно лучше понять себя, свои мысли, и здесь князю Андрею необходимо выговориться, он должен излить тяжелые свои думы, чтобы разобраться в себе, а для Пьера это проверка твердости его масонских идей. Монолог Пьера значителен как часть его философского миросозерцания и как часть философии самого Толстого, но Андрей почти не слушает его.
До философских откровений надо дойти самому, и никто словами не сможет передать суть учения, откровения. Но слова Пьера о Боге, об истине уже к концу монолога растапливают сердце князя Андрея. Он вслушивается в смысл слов Пьера, вникает в него, но видит дальше, глубже масонской философии. Слова Пьера открывают ему собственный новый путь. Вновь князь Андрей смотрит на небо и видит то высокое и вечное небо, в которое он смотрел на поле Аустерлица, и опять на него нисходит откровение.
Уже во второй раз в жизни. Кажется, что он заново постигает тайны мироздания. Следующая, малозначащая встреча героев происходит на балу в Петербурге, первом балу Наташи: Пьер просит князя Андрея пригласить на танец Ростову. Последняя встреча князя Андрея с Пьером происходит накануне Бородинского сражения.
Андрей боится остаться наедине с Пьером — он чувствует, что ему не суждено жить. Чувствует это и Пьер. Вновь разговор идет об убийстве — о войне, о философии войны и о философии победы. Офицеры понимают, что завтра они победят любой ценой. Пьер со страхом смотрит на чужого, озлобленного князя Андрея, который предлагает не брать пленных.
Но именно в Бородинском сражении князь Андрей не делает ни одного выстрела и олицетворяет святое войско, а Пьер духовно помогает на батарее Раевского. Вновь мы видим противоречие между князем Андреем и Пьером. Князь Андрей призывает к непротивлению злу насилием, он призывает обратиться в себя, в семью, а Пьер всеми силами пытается принести пользу своей армии.
Он думает, что может сделать добро для России, занимаясь политикой и т. п. Князь Андрей надеется добиться гармонии через внутренний мир. Если он будет счастлив, если будет счастлива его семья и если каждый будет думать о личном благе, то мир, наконец, достигнет гармонии. Пьер, несмотря на свою нелюбовь к внешней деятельности, занимается общественными делами и т. п. Но мы так и не получаем ответа, какой путь истинен. После смерти князя Андрея диалог его с Пьером не прекращается.
Пьер вспоминает Болконского и общается с ним духовно. Князь Андрей не ушел полностью из этого мира. Это чувствует и его сын Николенька, который внутренне часто обращается к отцу и, вероятно, продолжит его духовный поиск.